El plan de estudios contempla seis semestres de preparación que se cursa en tres años.

A partir del año 2009, se pone en operación en todas las Escuelas Preparatoria Federales por Cooperación que funcionan en el país, un nuevo Modelo Educativo Basado en Competencias, como resultado de la Reforma Integral de la Educación Media Superior.

Actualmente, el plan de estudios tiene tres núcleos formativos: Formación Básica, Formación para el Trabajo y Formación Propedéutica.

Con el propósito de apoyar el rezago académico de muchos estudiantes que llegan a la Educación Media Superior con carencia de conocimientos previos necesarios para cursar este nivel educativo, en la Preparatoria Federal por Cooperación "Dr. José Ma. Luis Mora" se ofrece una actividad remedial denominada Tutorías en Habilidad Matemática y Habilidad Lectora, al término del horario normal de clases.

En la Escuela Preparatoria Federal por Cooperación "Dr. José Ma. Luis Mora", además de las Unidades de Aprendizaje Curricular, disciplinas científicas que se cursan mediante su plan de estudios, considerando que la formación de los estudiantes debe ser integral, se ofrecen las siguientes actividades socioculturales y deportivas:

Orientación Educativa, Educación Física, Baile regional y moderno, Música, Pintura, Tae- kwon- Do, Basquetbol varonil, Basquetbol femenil, Voleibol femenil y Futbol soccer.